Nel corso dei secoli, il castello di Fombio fu protagonista d'importanti azioni di guerra. Agli inizi del 1500 il paese fu dato alle fiamme dai Landi, nell'ampio scenario delle battaglie tra guelfi, schieramento al quale appartenevano gli Scotti feudatari di Fombio, ed i ghibellini. Successivamente il castello divenne oggetto di contesa con i Trivulzio di Ritegno.

Il territorio di Fombio verso il Comune di Guardamiglio fu il campo di battaglia di uno dei primi combattimenti fra le forze repubblicane francesi contro gli austriaci in Lombardia, durante la campagna napoleonica del 1796. Il combattimento vide fronteggiarsi un'avanguardia di quattromila granatieri francesi al comando del Generale Jean Lannes, ed un manipolo di austriaci. Sciamati nel lodigiano dopo aver superato il Po a Piacenza, le truppe transalpine si trovarono ad affrontare un gruppo di austriaci al comando del Generale Lipthay che tentarono disperatamente d'arginare l'onda dell'esercito nemico. Penalizzati da una difesa male organizzata e da un esiguo numero di effettivi, gli austriaci furono messi in fuga riparando nel paese di Pizzighettone, mentre i francesi raggiunsero Codogno.

Nel 1797, proclamata la Repubblica Cisalpina, il Comune fu unito al Lodigiano.

Una parte del Comune è occupata dal territorio di Retegno, che ora è frazione di Fombio, ma che fu Imperial Baronia e feudo dell'antica famiglia dei Trivulzio. Qui tra il XVII e il XVIII sono state coniate monete d'argento ed oro di pregevole fattura, paragonabili per "bontà" a quelle dei Visconti di Milano e dei Gonzaga di Mantova.

Due sono le ipotesi in merito alla nascita del nome Retegno. La prima fa riferimento alle reti che i pescatori del Po stendevano ad asciugare nelle sue terre. La seconda si riferisce alla presenza della zecca ed alla presunta parsimoniosità dei suoi amministratori. A rafforzare la seconda ipotesi ci sono anche l'assonanza e la probabile radice comune con i termini lodigiani tegnìn e tegnón che significano taccagno e tirchio. Nel dialetto locale Retegno si dice Artégn, mentre l'abitante del borgo è un Artegnìn.